主要有以下区别：参保对象、缴费标准、报销比例、适用范围、其他保障（农村社保包括医保、养老保险，企业交有失业、生育和工伤；新农合只是“新型农村合作医疗”，没有养老保险。）
法律依据：《中华人民共和国社会保险法》第十条职工应当参加基本养老保险，由用人单位和职工共同缴纳基本养老保险费。无雇工的个体工商户、未在用人单位参加基本养老保险的非全日制从业人员以及其他灵活就业人员可以参加基本养老保险，由个人缴纳基本养老保险费。公务员和参照公务员法管理的工作人员养老保险的办法由国务院规定。