博氏巨蜥体色为黑褐色，有黑色条纹或网目状斑纹遍布全身，腹部颜色稍浅，刚出生幼体体色鲜明，并有明显宽条纹带，随年龄成长逐渐呈现断裂，尾部截面成圆形，具盘绕物体的功能，长度约与躯干长相等或更长。具尾长、发达之四肢及趾爪等特征，有助适应树栖生活。头短吻部细长，圆状鼻孔位于眼睛至吻部中间。头部与颈部上方鳞片平滑，至身体后鳞脊状，四肢掌鳞呈黑色状鼓起。雄性的头较雌性大，尾部更宽。其中又以罗蒂岛的个体体色比较出色，会呈现蓝色的斑点，是帝汶巨蜥中最受欢迎的一种。欧美国家所繁殖的个体多半是罗蒂岛(Roti)的蓝斑个体，其他岛屿的帝汶巨蜥也都在体色上有所差异而呈现黄、红等色泽。帝汶巨蜥属于小型巨蜥，体长60～70厘米左右，鼻孔呈圆形，且靠近吻端处，个体体色有区域性的差异，比较典型为身体上遍布白色和黄色不规则状的斑点，幼体的体色相当鲜艳，成体体色转为较暗。