日本石龟为日本特有种，他们栖息在日本国内流动的溪涧，河流，沟渠，以及其它的水体中，且在山间清凉的溪涧和池塘内，其水流湍急而冷冽。

　　日本石龟需要经过3-5年才能性成熟，性成熟的龟在每年的5-10月为交配期，5-6月为产卵期，每次产卵5-8枚，卵呈白色，长椭圆形，孵化期为70天左右.雌龟将卵产在相对较为干燥的巢穴中，一窝产4-10枚卵。而每季它们可以生产1-3窝。这些卵常被浣熊，鼬鼠和四纹蛇之类的掠食者吃掉。它们的孵化期为45天。