日本地龟的背甲颜色较浅，头部相对较小，眼睛很大，背甲相对比较扁平，有棱突但是并不明显，鉴别起来比较容易，成体属于中等体型，脚趾间蹼不明显，水性不是很好。

　　日本地龟的身体大致为棕色，头部的颜色稍稍淡于体色，头部的两侧与颈部周围都长有黑色的小斑点。只能看到一条嵴棱，棱突起的地方能够看到一条浅色的黄条纹，有的龟可能没有。背甲后沿为锯齿状。背部还带有发散状的沟渠形成的别致纹络。成年的日本地龟背长大约为13cm~18cm左右。它的身体为灰色偏黄，四肢和尾巴的两边带有菊色和暗橙色的条纹。此龟的身体大于雄龟，但雄龟的尾巴较长。

　　日本地龟背甲最长可生长至约17厘米，底甲有色彩鲜艳的花纹。背甲板边缘呈锯齿状，背甲呈红褐色，有颜色暗淡的斑纹，背甲和腹甲之间有铰链位;腹甲呈黑色或黑褐色，腹甲边缘的颜色是黄色的。上腭前端的呈尖钩，令它们可以快速方便地捕获猎物和用力咀嚼食物。头部、颈部及四肢也有红棕色的虚线。幼龟孵化后，背甲长度可达3.5~3.6厘米。