1、科属不同：荠菜属于荠菜属植物；水荠菜属于蔊菜属植物。

2、生长地方不同：荠菜多生长于农田、荒野和路旁；水荠菜更多生于潮湿环境，如水边、小溪边等。

3、被毛不同：水荠菜主要是单毛；荠菜大多为星状毛。