1、外形区别：蓝鳍金枪鱼背鳍是黄色或蓝色的，重量大约150公斤，最大可达684公斤；黄鳍金枪鱼背鳍为红褐色，体重可达225公斤。2、价值区别：蓝鳍金枪鱼是目前经济价值最大、体型最大的金枪鱼，而黄鳍金枪鱼则是目前产量最多的金枪鱼；蓝鳍金枪鱼的价格一般高于黄鳍金枪鱼。

一、外形

1、蓝鳍金枪鱼

长度一般为200厘米左右，最大可达458厘米，重量大约150公斤，最大可达684公斤。而且它的下侧与腹面银白色有无色的与列的无色点一起轮流的横切线。第一背鳍是黄色或蓝色的；第二个为红褐色；臀鳍与离鳍暗黄色且有黑色边缘。

2、黄鳍金枪鱼

成鱼体长最长可达3米，体重可达225公斤，一般大的可达2米，重100公斤以上，体纺锤形，最大叉长可超过2米。身体的最高位置在第一背鳍基底的中部。第二背鳍及臀鳍前部鳍条延长。胸鳍中长，其末端达第二背鳍起点下方。鳃耙26~34枚。身体背部是深蓝色的，腹部是黄色到银色的，经常有横行条纹。背、臀鳍和小鳍均红褐色，边缘黑色。

二、价值

1、蓝鳍金枪鱼是目前经济价值最大、体型最大的金枪鱼，而黄鳍金枪鱼则是目前产量最多的金枪鱼。

2、不管是蓝鳍金枪鱼还是黄鳍金枪鱼，售卖的价格都是要高于一般的鱼类，营养也是高于多种鱼类的，但蓝鳍金枪鱼的价格一般高于黄鳍金枪鱼。