甜瓜水瓤通常是由于生长期被细菌或真菌感染，导致植株患上软腐病等疾病。患病的原因主要是连续的阴雨天气，空气湿度太大，通风情况也不好，或者施肥的时候偏施氮肥，这些都会导致植株患病。发病后需要及时用氢氧化铜、噻菌铜、春雷霉素以及硫酸链霉素等药物喷洒防治。