治疗水霉病的时候，要是发病的面积不多，并且数量也不多的话，就可以使用含碘的消毒液来浸泡，其中包括高锰酸钾、聚维酮碘溶液，或者是把小苏打和食盐进行混合洒到池中。在市面上还有一些内服的抗菌药物，这些药物也是可以使用的，可以防治细菌而激发感染的情况出现。