黄颡鱼小瓜虫治疗的时候可用辣椒面和生姜水，混合起来煮沸30分钟，然后全池泼洒，每天泼洒一次，连续用三四天。用硫酸铜和食盐也可刺激小瓜虫脱落，但是不能杀灭。此外，还可用青蒿末来防治。一次量为每千克体重0.3-0.4g，每天1次，连用5-7天。