菌肥施用时要埋于土壤中，不能撒施于地表，一般深施7-10cm。菌肥可与有机肥混合深施，也可与营养土混合用于蔬菜育苗，或在蔬菜定植时穴施或沟施，一般肥效可达150-180天。另外，在施菌肥时要适量地配合少量的氮肥，一般亩施复合菌肥25-30kg。