额尔古纳河源头在大兴安岭西侧吉勒老奇山西坡。额尔古纳河上源为海拉尔河，发源自大兴安岭西侧吉勒老奇山西坡，西流到新巴尔虎左旗阿巴图附近始称额尔古纳河，后折向东北在额尔古纳市恩和哈达附近同俄罗斯流来的石勒喀河汇合为黑龙江。主要支流有克鲁伦河、根河、激流河。