颜料区别：荧光笔使用比较淡颜色的墨水，含有一定的荧光剂，当遇到紫外线的时候就会出现荧光反应。马克笔分为酒精性马克笔、油性马克笔、水性马克笔三种，其颜料具有一定的挥发性。

功能区别：荧光笔是用来做记号的笔具，而马克笔不仅能够作为书写用的记号笔，还能够作为专用的绘图彩色笔进行绘画。

效果区别：马克笔是一种能够覆盖文字的记号笔，而荧光笔则不会覆盖文字。