医疗器械公司注册流程如下：

1、仓库面积大于15㎡，办公室面积大于30㎡，并按照药监局的要求布局；

2、带上名称预先核准申请书；投资人身份证明；注册资金、出资比例到工商查名；

3、带上相关材料办理《受理通知书》和《医疗器械经营企业许可证》；

4、到工商局注册。