扬子鳄属于湿地生态系统。扬子鳄白天隐居在河岸两旁洞穴中，夜间外出捕食。尤其是喜欢在洞穴附近的岸边、沙滩上晒太阳，紧闭双眼，爬伏不动处于半睡眠状态，给人们以行动迟钝的假象。一旦遇到敌害或发现食物时，就会立即将粗大的尾巴用力左右甩动，迅速沉入水底躲避敌害或追捕食物。