中华鲟鱼食性非常狭窄，属肉食性鱼类，主要以一些小型的或行动迟缓的底栖动物为食，在海洋主要以鱼类为食，甲壳类次之，软体动物较少。中华鲟幼鱼主食底栖鱼类、蛇鲲属和蛹属及鳞虾和蚬类等，产卵期一般停食。