文昌鱼作为脊索动物门，头索动物亚门幸存物种，是无脊椎动物演化至脊椎动物过渡典型的活标本。自1774年Pallas发现文昌鱼以来，它一直受到动物学界重视，是研究包括人类在内的脊椎动物起源与进化的极其珍贵的模式动物。