1、法律规定不同：国食健字依据的是2005年国家食品药品监督管理局颁布的《保健食品注册管理办法（试行）》中第33条规定。国食健注依据的是2016年国家食品药品监督管理局颁布的《保健食品注册与备案管理办法》中的第43条规定。

2、适用产品不同：国食健字适用于2005-2016年注册的保健品。国食健注是2016后注册的保健品。

3、格式不同：国食健字格式为国食健字G+4位年代号+4位顺序号，和国食健字J+4位年代号+4位顺序号。国食健注格式为国食健注G+4位年代号+4位顺序号。