1、品种不同：白瓜子，即南瓜子，又名南瓜仁；黑瓜子，葫芦科植物西瓜品种之一，籽瓜的种子。

2、产地不同：白瓜子主要产自黑龙江与内蒙古，产自这两地的白瓜子品质上乘；黑瓜子主要产地位于甘肃民勤。

3、种植条件：白瓜子选地时，要选择上年没有施过普施特、豆磺隆、广灭灵等长残效农药的地块；黑瓜子的种植土壤为砂田，即在农田上覆盖一层厚达半尺的砂砾，具有明显的抗旱作用。