蝙蝠泛指所有属于翼手目的许多种哺乳动物，品种不同天敌也不同，其中，穴居蝙蝠的主要天敌有蛇类、蜥蜴等，树栖型（一些果蝠）的天敌有猛禽和猫科动物，另外，人类也是蝙蝠的天敌，如关岛大蝙蝠就是因当地人的捕杀而灭绝。