如果违章是罚款并扣分的，那么12123交罚款是会扣分的。交管12123交罚款扣分流程：一、手机下载并登录12123。二、点击机动车违法。三、点击查询。四、查看违法信息，输入验证码，点击确认缴费。五、确认订单信息，选择支付方式（微信支付或者支付宝支付）。六、点击立即支付，输入支付密码支付（开通指纹支付的可以验证指纹支付）。七、12123提示缴款成功。八、返回交管12123主页面，点击网办进度。九、查看办理进度，已经违章处理完成罚款需要扣分的会扣除分数。

法律依据：《中华人民共和国道路交通安全法》

第一百零七条对道路交通违法行为人予以警告、二百元以下罚款，交通警察可以当场作出行政处罚决定，并出具行政处罚决定书。行政处罚决定书应当载明当事人的违法事实、行政处罚的依据、处罚内容、时间、地点以及处罚机关名称，并由执法人员签名或者盖章。

第一百零八条当事人应当自收到罚款的行政处罚决定书之日起十五日内，到指定的银行缴纳罚款。对行人、乘车人和非机动车驾驶人的罚款，当事人无异议的，可以当场予以收缴罚款。罚款应当开具省、自治区、直辖市财政部门统一制发的罚款收据；不出具财政部门统一制发的罚款收据的，当事人有权拒绝缴纳罚款。