软件著作权，是指软件的开发者或者其他权利人依据有关著作权法律的规定，对于软件作品所享有的各项专有权利。就权利的性质而言，它属于一种民事权利，具备民事权利的共同特征。
软件著作权是在软件创作完成后产生的，按照中国现行的著作权法，不登记理论上你也拥有该软件的著作权，另外也可以进行软件著作权登记，经国家版权局认证以后起到公证的效力。
软件专利，是指通过申请专利对软件的设计思想进行保护的一种方式，而非对软件本身进行的保护。从客观情况来讲，软件的专利保护实际操作上比较麻烦，也就是程序上不像著作权，直接备案登记的，即使，著作权人不登记备案，只要是你自己创作的就当然地取得该创作的著作权的。软件专利保护可以在你有某个完好的创意的时候就可以申请了，就算该发明还没有最终成功完成。因为在专利保护上，我国实行先申请制度的，谁申请在先，谁就享有该专利权。
第一：依据的法律不同
软件的著作权保护依据《著作权法》和《计算机软件保护条例》。
软件的专利保护依据《专利法》，具体审查标准参见国家知识产权局专利《审查指南》第二部分第九章“涉及计算机程序的发明专利申请审查若干问题”。
第二：保护原则不同
软件著作权是在软件创作完成后自动产生的，也是自愿进行软件著作权登记，登记的目的是体现公证的效力，主要用于声明著作权权属，同时使后续维权时的证据力度更大。
软件专利则必须向专利局提出申请才能获得保护，因此必须要积极申请，且专利制度也是以“用公开换保护”为原则。
第三：保护客体不同
软件著作权申请提交的资料是源代码及用户操作手册，所以软件著作权保护的是表现形式，不保护思想。
这样就有可能出现竞争对手将你的软件进行研究，然后改变编程语言，达到的结果是一样的，但由于代码不相同，所以不侵犯著作权。
软件专利则不同，在申请时描述的是软件的设计构思（注意一定要以技术方案的形式表现，或者最好能够结合硬件来表现），包含了软件流程图的内容，而不是主要说明采用哪种程序语言实现。一旦获权后，他人只要采用了软件专利的设计构思或方案，就可能构成侵权。
第四：申请通过率不同
软件著作权实行的是登记制，一般不需要经过实质审查，只要形式审查时提交的材料符合要求，并且不违反《著作权法》的规定即可获权，登记通过率极高。
软件专利需要经过形式审查和实际审查。
形式审查主要是审核专利材料是否符合申请要求，形式审查通过后就会公开，再进入实质审查，审核该专利是否符合《专利法》的要求，并且要满足新颖性，创造性，实用性等诸多要求。
一般纯软件型的专利不易获权，通过软硬件结合的方式会提高其授权率，但总得来说通过率依然不高。
第五：保护期限和维护费用不同
公民的作品，其法律规定的相关著作权保护期为作者有生之年加死亡后50年；法人及其它组织的作品，其法律规定的相关著作权的保护期为50年。
费用方面只会缴纳前期的申请费，后续不会有维护的费用。
一般来说软件专利只能申请发明专利，保护期限从申请日起算20年。
而发明专利每年都需要缴纳年费，过期不缴纳即视为放弃专利权。
第六：优缺点不同
软件著作权可以不用公开就受到保护，并且能够让创作者快速地获得著作权保护，普通登记一般4个月左右授权，采用加急申请软件著作权最快能一个工作日授权。能够让著作权人快速抢占市场，拿到政府相应的资助。
软件专利必须以公开换保护，发明专利申请时间是1~2年，一般不能采取加急形式。
而软件的进步相应来说是较快的，所以在申请的过程中的有可能就错过了软件市场。
但是专利保护的是设计构思和方案，所以保护的力度更强，并且专利还可以提出一些现在不能实现的专利，等到技术发展了能够实现该专利了，再以许可的方式去获得收益，很多大公司的专利储备就是按照这种方式来的。
