1、主体要件不同。前者是一般主体，后者只能是国家工作人员；
2、犯罪对象不同。前者是一般公民，后者只能是被控有违法犯罪行为的犯罪嫌疑人；
3、犯罪行为表现和目的不同。前者是以拘禁或者其他强制方法非法剥夺他人人身自由，后者是对犯罪嫌疑人使用肉刑或者变相肉刑逼取口供。如果两罪一起发生，互有关联的，一般应按牵连犯罪从一重罪处理。非国家工作人员有类似“刑讯逼供”等关押行为的，不定刑讯逼供罪，可以非法拘禁罪论处。