公司注销后，并不影响协议的法律效力。如果公司注销前没有进行清算，注销后可起诉股东。协议在签订之时只要符合法律规定，由双方签字盖章即可生效，特殊约定的除外。
《民法典》第一百四十三条，具备下列条件的民事法律行为有效：
(一)行为人具有相应的民事行为能力;
(二)意思表示真实;
(三)不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗。
第四百六十五条，依法成立的合同，受法律保护。
依法成立的合同，仅对当事人具有法律约束力，但是法律另有规定的除外。
【相关延伸】
问：协议和合同在法律上有区别吗？
答：依据我国民法典的规定，合同的本质其实就是协议，合同和协议只是说法不一样而已，合同和协议的法律效力是一样的。