１、两罪的主观方面不同。两罪都为故意犯罪，但行为人认知的内容不同。寻衅滋事罪的行为人明知自己的行为会发生破坏社会秩序的危害后果，而希望或者放任这种结果的发生。其目的往往是为了满足耍威风、取乐等不正常的精神或其他不健康的心理需要。破坏选举罪则要求行为人明知自己的行为会妨害选举活动的进行及妨害选民和代表自由行使选举权和被选举权，而希望或放任这种结果的发生。其目的往往是出于个人政治上的野心或者是发泄个人的不满等。
２、客观方面不同。根据本法的规定，寻衅滋事罪的客观方面有四种表现：
其一，随意殴打他人，情节恶劣的；
其二，追逐、拦截、辱骂他人，情节恶劣的；
其三，强拿硬要或者任意毁损、占用公私财物，情节恶劣的；
其四，在公共场所起哄闹事，造成公共场所秩序严重混乱的。
其行为没有明确的时间要求。破坏选举则要求行为人的行为必须发生在选举各级人民代表大会代表和国家机关领导人员时。其客观方面的具体表现为行为人以暴力、威胁、欺骗、贿赂、伪造选举文件、虚报选举票数等手段破坏选举或者妨害选民和代表自由行使选举权和被选举权。可见，寻衅滋事罪的犯罪手段相对而言，较为单一，主要表现为暴力，破坏选举罪的犯罪手段则较为多样化。从犯罪对象上看，破坏选举罪侵犯的对象主要是选民和代表，寻衅滋事罪的侵犯对象则通常为不特定的人或者财物。
３、侵犯的客体不同，寻衅滋事罪侵犯的客体是社会公共秩序，即人们遵守共同生产规则而形成的正常秩序。破坏选举罪侵犯的客体为公民的选举权和被选举权以及国家的选举制度。