1、有的开发商因资金问题常常会与承建商、银行等发生债务纠纷(前期楼盘有抵押)，问题严重时，财产被冻结，最终影响购房者办证；
2、还有些开发商喜欢擅自更改用途或规划，例如将原本是商业用途的土地更改建设为住宅，也或者是利用工业用地搞房地产开发建设住宅，导致土地用途与房屋规划用途不符，这样的房屋也是不能办理两证的；
3、也有个别开发企业违规建设，如建筑面积超出规划面积等，这些都是造成后期不能办理两证的原因。因此，购买二手房时，应该尽量选择两证齐全的房源，否则无法在房管局办理过户手续。在两证齐全的情况下，也需详细了解前房主的资料是否齐全，避免产权过户时遭遇困境。