(一)性质不同行政复议由上一级行政机关对下一级行政机关所作的具体行政行为进行的审查，属于行政行为的范畴，所有过程都在行政系统内部进行;而行政诉讼则是人民法院对行政机关所作的具体行政行为实施的司法监督，是一种司法行为。
(二)受理机关不同行政复议的受理机关是作出具体行政行为的行政机关所属的人民政府或其上一级行政主管部门。例如，对某县烟草局的处罚决定不服，可向该县烟草专卖局的上一级行政主管部门即市(或者地区)烟草专卖局申请行政复议。而行政诉讼的受理机关则是人民法院。
(三)受案范围不同人民法院所受理的行政案件，只是公民、法人或其他组织认为行政机关的具体行政行为侵犯其合法权益的案件，而复议机关所受理的既有行政违法的案件，也有行政不当的案件。也就是说，凡是能够提起行政诉讼的行政争议，公民、法人或者其他组织都可以向行政机关申请复议，而可以申请行政复议的未必能够提起行政诉讼。另外，法律规定行政复议裁决为终局决定的，当事人申请行政复议以后，不得再提起行政诉讼，从而使某行政争议只能通过行政复议而不能通过行政诉讼得以解决。